Identificación y predicción funcional de ARNs largos no codificantes (IncRNAs) asociados a respuesta inmune en Lupinus luteus ante la infección por Colletotrichum lupini

Lupinus luteus es una leguminosa destacada por sus propiedades nutricionales y ecosistémicas, siendo considerada como una alternativa sustentable de proteína vegetal ante los desafíos actuales en la agricultura y el cambio climático. Sin embargo, su cultivo es principalmente amenazado por la antracnosis provocada por el hongo Colletotrichum lupini, la cual es controlada mediante el uso de pesticidas. Previamente, se ha reportado que ARNs largos no codificantes (lncRNAs) estarían involucrados en la regulación de la resistencia a patógenos en plantas. Sin embargo, no hay antecedentes publicados sobre el rol de lncRNAs en respuesta inmune en L. luteus ante la antracnosis, pudiendo conformar nuevas estrategias sustentables para el control de la enfermedad. En este estudio fueron identificados por primera vez lncRNAs de L. luteus involucrados en respuesta inmune ante la antracnosis, mediante el reanálisis de 32 librerías de RNA-seq provenientes de genotipos de L. luteus resistentes (C98) y susceptibles (C195) a la enfermedad, sometidos previamente a la infección de C. lupini. Un total de 109,443 transcritos (41,646 genes) fueron ensamblados, de los cuales 6,737 (2,785 genes) correspondieron a lncRNAs. Los análisis de expresión diferencial reportaron un mayor número de lncRNAs diferencialmente expresados (DE) en el genotipo C98, destacándose 20 lncRNAs DE presentes en todas las horas post- infección. De ellos, lncRNA25730 y lncRNA24719, fueron lncRNAs destacados debido a su co- expresión con genes codificantes asociados a respuesta inmune. En particular, el lncRNA25730 co- expresó con proteínas LRR-RKs y proteasas subtilisinas, comprometiendo vías de defensa inmune del tipo MTI y ETI. Además, presentó una diferencia de expresión considerable entre genotipos, por lo que este gen podría conformar un nuevo marcador molecular de resistencia en hipocótilos de C98. Este estudio es uno de los primeros avances en el entendimiento de la regulación de la resistencia a la antracnosis en L. luteus desde la perspectiva de lncRNAs.